La reelección de Estrada Palma provocó que en agosto de 1906 los liberales se alzaran en armas en diversos lugares de Cuba, principalmente en Pinar del Río, La Habana y Las Villas. Este hecho se conoce como la "Guerrita de agosto".

Pasaban los días, moderados y liberales no llegaban a un acuerdo y el gobierno no lograba controlar la situación que fue haciéndose progresivamente más difícil. Estrada Palma, al sentirse incapaz de acabar con la revuelta y, consecuente con su posición anexionista, renunció a la presidencia y pidió oficialmente la intervención de Estados Unidos. Era el mes de septiembre de 1906.

Para garantizar el control absoluto sobre Cuba, Magoon colocó al frente de las antiguas secretarias de despacho a sus previsores yanquis, en lugar de cubanos y nombró a seis estadounidenses para que atendieran cada una de las provincias. Los funcionarios cubanos fueron relegados a empleos secundarios. Cuba quedó abiertamente en manos de Estados Unidos. Magoon llevó la corrupción administrativa a límites no conocidos hasta entonces, el despilfarro del tesoro público fue alarmante.